Osebe, ki imajo zelo izrazit žrelni refleks, gastroskopijo običajno zelo težko prenašajo. V takem primeru lahko namesto klasične gastroskopije naredimo preiskavo skozi nos. Uporabimo poseben endoskop, ki se imenuje nazalni gastroskop. Premer endoskopa je zgolj 4,9 mm. Ker endoskop uvedeno skozi nos, le-ta ni v stiku z sluznico žrela, ki zaradi žrelnega refleksa pri mnogih bolnikih predstavlja veliko težavo.
Kadar nosna votlina zaradi anatomskih posebnosti ni prehodna, preiskavo opravimo klasično skozi usta. Tudi v tem primeru je za pacienta bistveno lažja.
Preiskavo z nazalnim endoskopom priporočamo tudi v primeru zožitev na zgornjih prebavilih, kadar s standardnim endoskopom ni mogoča.
